顧憲成奔走薦尚書，遭抨擊鄭澈病辭官。
    吏部左侍郎趙用賢、左都御史李世達(dá)，戶部右侍郎李禎三人相繼去后，不少官員仍為趙用賢、李世達(dá)等抱不平，并已認(rèn)定皆為王錫爵主使。行人司高攀龍、御史吳弘濟(jì)、南京刑部郎中譚一召、主事孫繼有、南京吏部主事安希范等紛紛上疏。如高攀龍上疏道：“輔臣王錫爵等跡其自待，若愈于張居正，查其用心，何以異五十步笑百步。”并指責(zé)楊應(yīng)宿對(duì)閣臣阿諛獻(xiàn)媚。
    譚一召也上疏指責(zé)王錫爵自入閣以來無月不逐賢。安希范、孫繼有等人也上疏再次為趙用賢、趙*南星、李世達(dá)、孫鑨、李楨等人求情。指責(zé)鄭材對(duì)待趙用賢前后判若兩人，實(shí)為無恥小人。后高攀龍、吳弘濟(jì)、譚一召、孫繼有、安希范等也遭部分官員上疏駁斥。
    朝廷此時(shí)儼然已分為兩派，早已偏離退婚一案而轉(zhuǎn)為相互對(duì)立。兩方彼此爭斗不休直至十一月，高攀龍彈劾內(nèi)閣陰謀打擊部院，而皇上卻事事唯內(nèi)閣是聽。楊應(yīng)宿則彈劾高攀龍受顧憲成指使，吏部收受賄賂，專抗閣臣。
    后萬歷皇帝下詔：“近來小臣不修本等職業(yè)，更關(guān)是非。該部院會(huì)同該科從實(shí)問他何以見得吏部有許多臟私。及高攀龍為顧憲成所使，亦問攀龍何以見得朕一事不管，親批親點(diǎn)俱出輔臣之意，明白參看來說，不許徇私黨護(hù)。”
    每當(dāng)朝中上疏攻擊閣臣之時(shí)，萬歷帝總欲嚴(yán)懲，王錫爵每每公開上疏請(qǐng)求萬歷皇帝從輕處事，以免朝臣總疑心其為指使。后高攀龍?jiān)俣壬鲜瑁骸案`近見朝堂之上，善類擯斥一空，輔臣何忍坐視至尊之過舉，得毋內(nèi)泄其私憤，而利于斥逐之盡乎”群臣再各自上疏爭論，萬歷震怒，以朋黨罪將兩方核心人員任郎中、主事、言官者全部貶官外調(diào)，逐出京城。
    王錫爵請(qǐng)見萬歷說道：“皇上，老臣反被侵權(quán)結(jié)黨之名，紛紛得遣逐而去，其勢將愈激而愈不平，人持一是非，家立一門戶，恐皇上不勝其怒，而臣等不勝其爭。皇上處之愈重，是愈驅(qū)使自附于攀龍、世達(dá)等，欲以明邪正而邪正愈亂。故不如依臣疏中平平發(fā)下為當(dāng)，朝臣品性政事及建言有心無心，自當(dāng)從容聽公論余外。”
    萬歷帝見王錫爵如此便施以寬慰道：“近來朝臣每每妒害，朕欲從重究處，卿反為救解，因此小臣益無忌憚，將朕親批旨意誣為卿擬，再誣朕暴虐昏聵，妄肆詆誹，好生無狀。卿不必在意。黃淮水患如何平復(fù)？”
    王錫爵奏道：“河南救災(zāi)不力，大水過后必將饑民遍地，臣以為黃淮一帶大難將至，朝廷及各省有司必需集中全力，臣愿擔(dān)任督導(dǎo)之責(zé)，統(tǒng)籌一應(yīng)所需，監(jiān)察災(zāi)情。張一元已就任河南巡撫，其雖有才干但畢竟少經(jīng)歷練，臣舉薦儀制郎中鐘化民兼任河南道御史，主持救災(zāi)。”
    萬歷帝問道：“鐘化民有何才能能擔(dān)此重任？”王錫爵答道：“鐘化民幼即好學(xué)，多智計(jì)，天文地理，經(jīng)濟(jì)韜略無不通諳。久經(jīng)地方歷練，凡所到任之處，政績頗高，百姓愛戴，朝臣感佩，居官勤厲，遍歷八府，所至有聲。必能擔(dān)此重任。此外為多方籌措錢糧，臣請(qǐng)奏先暫時(shí)停止江南織造及江西陶器用度，減云南貢金，省出開支配合內(nèi)庫錢糧賑濟(jì)河南。此次黃淮一帶受災(zāi)之重百年未見，恰逢國庫維艱，百姓朝不保夕，時(shí)刻仰望圣德普佑，臣請(qǐng)蠲免河南災(zāi)區(qū)原應(yīng)繳納賦稅以安民心，臣愿率百官捐獻(xiàn)官俸，也請(qǐng)皇上及太后能令宮中也有所表示，如此則天下無不深受感召，南直隸、浙江一帶臣想也差人向當(dāng)?shù)厣藤Z要求捐獻(xiàn)。”萬歷帝準(zhǔn)奏。
    萬歷帝再問：“朝鮮的謝恩使是否返歸？對(duì)冊(cè)封退兵一事有何看法？”王錫爵答道：“此事朝鮮并不愿停戰(zhàn)，也已對(duì)其告知，對(duì)其行為也有所申斥，臣觀察朝鮮有暗自不滿，且大明與倭國定納降之時(shí)并未讓朝鮮參與其中，也未全殲倭寇，臣猜測朝鮮應(yīng)會(huì)如此。”
    萬歷帝不悅：“朝鮮有何資格不滿？所有的軍隊(duì)都不堪一戰(zhàn)，朝鮮王也險(xiǎn)被生擒。是朕的將士一直在奮戰(zhàn)，是朕的將士替他收復(fù)國土。所謂請(qǐng)降也不是向朝鮮而是向大明，如今國土即將都要?dú)w還給他，倭寇也令其撤走，非但不該不滿還應(yīng)感激涕零，跪拜在朕面前才是。朕不需其千里來朝，也不要他一寸國土，如此厚恩朝鮮不知？令朕懷疑朝鮮是否有不臣之心。”
    王錫爵道：“皇上天恩浩蕩，朝鮮必能體會(huì)。據(jù)報(bào)倭軍已陸續(xù)從釜山撤兵返回倭國，為防不測臣已令宋應(yīng)昌留兵防守。”萬歷帝則令擬旨：“既然倭寇已撤，我們繼續(xù)在那里也沒有意義，傳旨全軍回撤，令宋應(yīng)昌、李如松回京述職。”王錫爵領(lǐng)旨。
    吏部尚書孫鑨引退，吏部左侍郎趙永賢歸鄉(xiāng)，吏部文選司郎中孟化鯉近期也因舉薦被特貶為民的科臣張棟而被萬歷皇帝免職。吏部元?dú)獯髠x賢補(bǔ)職一事也為朝廷關(guān)注。而王錫爵準(zhǔn)備讓禮部尚書羅萬化轉(zhuǎn)任吏部尚書并對(duì)此上疏舉薦，此舉卻又再度引起吏部眾多官員不滿。
    吏部文選司郎中顧憲成為此特意找來兩名吏部都給事中朱爵、許弘綱問道：“二位都是正直敢言，忠君為國之臣。現(xiàn)今吏部堂官空缺，正是選賢任能之時(shí)。但內(nèi)閣欲推舉禮部尚書轉(zhuǎn)任吏部尚書，不知二位有何看法？”
    朱爵對(duì)羅萬化贊道：“大宗伯素來受人敬仰，博學(xué)多才，若是轉(zhuǎn)任吏部，似乎也并無不妥。”許弘綱問道：“不過大宗伯平日里與首輔交往甚密，顧部郎是否在為此擔(dān)憂？顧部郎認(rèn)為大宗伯會(huì)因首輔而處事不公？”
    顧憲成道：“我原以為王錫爵也是盡公無私之人，自任官至入閣，關(guān)于國事的種種條陳建議也令人稱道。只是國本之上仍未敢向皇上據(jù)理力爭，獻(xiàn)媚天子得以擅權(quán)，自京察以來變本加厲，忠臣賢士屢屢被其設(shè)計(jì)驅(qū)逐，可謂有才無德，欲做權(quán)相。大宗伯被其所蒙蔽與其交好，自羅萬化任禮部以來，禮部事務(wù)便已被內(nèi)閣左右，如今王錫爵上疏請(qǐng)他轉(zhuǎn)任吏部，依我之見是想借其之手掌控吏部人事選調(diào)大權(quán)，從而能斷絕言路。”
    朱爵對(duì)此不敢妄言：“首輔竟有如此心思，實(shí)在令人難以置信，顧部郎是否多慮？閣部相爭已久，下官難以認(rèn)定首輔能借大宗伯便能斷絕言路。”許弘綱再問：“我也正有此問，不知顧部郎希望我二人如何？”
    顧憲成道：“此事的確只是猜測，我也敬重大宗伯，但若有此風(fēng)險(xiǎn)又怎能不加規(guī)避，且大宗伯為人過于耿直，吏部事務(wù)最易得罪同僚，甚至得罪皇上。其必受非議，歷來閣臣多出禮部，大宗伯有相才，正合由禮部入閣。我想請(qǐng)二位上疏詳述不必由大宗伯任職吏部，而請(qǐng)吏部右侍郎陳有年任吏部尚書一職。陳有年各位都極為熟悉，深諳吏部事務(wù)，同樣為世人敬仰，升任尚書也是情理之中。”二人應(yīng)允。
    顧憲成在與朱爵、許弘綱商談之后便去拜訪陳有年，陳有年問有何事？顧憲成答道：“近日朝中正在推舉新任吏部尚書人選，下官以為少司徒深受吏部及百官信賴，出任吏部尚書最為合適，不日即將上疏，今特來告知。”
    陳友年卻并無此意，相謝婉拒道：“叔時(shí)過譽(yù)，內(nèi)閣已擬由羅萬化任吏部尚書，羅萬化我也深為敬佩，任吏部尚書我并無異議。”顧憲成再勸：“大宗伯確實(shí)令人敬仰，可此事背后卻有內(nèi)閣操縱之嫌。自京察以來，眾多同僚皆被無端彈劾罷官、外調(diào)逐出京師，全為內(nèi)閣手筆，少司徒于京察之中也為主持之一，是故內(nèi)閣不從吏部選任而舉薦他人，下官深恐內(nèi)閣有欲操縱吏部阻斷言路，培植親信，專擅相權(quán)之嫌。不過只是猜測，也不愿污蔑閣臣，未免萬一下官以為還是少司徒出任吏部尚書當(dāng)為兩全。”
    陳有年說道：“叔時(shí)此言未免過激，不過閣臣近期所為確實(shí)多有不當(dāng)，孫、趙二公及眾多同僚蒙難我心中也十分悲痛。為國謀事但憑公心，不過此事還是由皇上圣斷，是否出任吏部尚書我無欲強(qiáng)求，惟靜候旨意。”
    顧憲成見陳有年雖不明言卻也有默認(rèn)之意，心中竊喜：“少司徒如此說下官明白，少司徒本就足以勝任，再經(jīng)朝廷公議，皇上也自能明斷，若能出任也是朝臣所盼。”陳有年再三婉謝。
    后在顧憲成奔走聯(lián)絡(luò)之下，朝臣公議舉薦陳有年任吏部尚書。王錫爵進(jìn)宮求見萬歷帝，萬歷帝也知王錫爵來意，開口點(diǎn)明道：“閣老此來是為選任吏部尚書一事吧，朕思考再三，陳有年熟諳吏部，又有朝廷公議，朕以為還是升陳有年為尚書。閣老以為如何？”
    王錫爵問道：“陳有年的確足以擔(dān)任，不過羅萬化久經(jīng)磨礪，身負(fù)奇才，皇上也是因此任其為禮部尚書，任職吏部也并無不妥，其才干也優(yōu)于陳有年，老臣以為若羅萬化出任吏部尚書必可使吏部煥然一新。”
    萬歷帝答道：“羅萬化留任禮部仍有大用，且其倶備相才，朕也希望他日羅萬化入閣可與閣老共同輔助朕治理天下。朕知方今內(nèi)閣與吏部多有矛盾，閣老身處風(fēng)口浪尖，有不少人疑心你王錫爵與羅萬化有密謀。如此揣測污蔑，朕幾次幾乎動(dòng)怒，但也不忍令你二人再受非議，待朕整肅風(fēng)氣之后可將羅萬化再任新職。閣老寬心。”王錫爵也就不再多言，告退而出。
    在朝鮮慶尚道監(jiān)營，已就任星州牧使的義軍首領(lǐng)郭再佑一直想趁日軍陸續(xù)撤退時(shí)予以追擊，但慶尚道巡察使金睟認(rèn)為必須需與明軍共同出擊才行。郭再佑怒道：“明軍、明軍、明軍，究竟還要念到什么時(shí)候？當(dāng)我們?cè)跁x州被倭寇屠殺時(shí)，明軍也在隔岸觀火，難道還對(duì)他們抱有期望么？”
    金睟反問道：“難道你忘了權(quán)栗都元帥在沒有明軍協(xié)助下獨(dú)自對(duì)敵，只能棄城敗退么？”郭再佑答道：“我們并不是要像都元帥一樣與敵全力交戰(zhàn)，是用游擊戰(zhàn)術(shù)不斷襲擾釜山周邊的倭寇而已。”
    金睟拍案說道：“為何任何事就總與你無法說通呢？朝鮮軍的指揮權(quán)至今仍在明軍管轄之內(nèi)，我們并沒有獨(dú)自出兵的權(quán)限，幾次違制獨(dú)自出擊，小勝不過二三，微不足道。倭軍也在陸續(xù)撤出，游擊戰(zhàn)術(shù)現(xiàn)在又有何意義？”
    郭再佑也再難抑制對(duì)金睟的厭煩之情：“我才是郁悶之極，要攻打敗退之?dāng)吃趺淳腿绱死щy？巡察使應(yīng)該也聽到傳聞，明軍是因?yàn)檎c倭寇議和所以才停止一切行動(dòng)。要是我們也無動(dòng)于衷，受苦的百姓該如何想？”
    金睟起身警告道：“不要再生是非！這是上官軍令，郭牧使請(qǐng)你牢記你已不是義軍首領(lǐng)，而是身負(fù)官職之人，只需聽令行事！”
    郭再佑笑道：“真是寒心，我才不在意官職，巡察使若不同去也休要阻攔我的去路，攔我者必視為倭寇。”說罷揚(yáng)長而去。后郭再佑辭去官職，以天降紅衣將軍之姿統(tǒng)領(lǐng)義軍四處奇襲騷擾日軍駐地，斬獲不少。屢被加封官職但為方便與倭寇作戰(zhàn)又屢屢棄官。
    謝恩使鄭澈自明朝返回朝鮮覲見朝鮮王李昖，李昖詢問情況，鄭澈答道：“臣雖想求見皇上陛下告知朝鮮現(xiàn)狀，卻未能如愿反而險(xiǎn)些顯朝鮮有不臣之心。明朝已準(zhǔn)備接受倭國的議和。因?yàn)槌嫉臒o能使明朝更加對(duì)朝鮮產(chǎn)生誤會(huì)，此等罪責(zé)臣難辭其咎，請(qǐng)賜臣一死。”正說間只見鄭澈咳聲不止，面如土色，身體虛弱。李昖見鄭澈已染病在身便好言相慰。
    鄭澈謝道：“老臣平庸無能，又身染重病，此等殘軀還有何存于世上之必要，臣正欲告老還鄉(xiāng)，還望殿下允諾。”李昖急忙勸慰：“這是哪里話，忠臣賢相豈能輕易離寡人而去，政務(wù)眾多，還請(qǐng)快些養(yǎng)好身體再輔佐寡人。”
    鄭澈正感激不盡忽聽門外司宰監(jiān)正柳祖訒請(qǐng)旨要求嚴(yán)懲鄭澈，監(jiān)正柳祖訒手捧眾多奏疏道：“殿下，這是百官彈劾鄭澈的奏折，百官一致認(rèn)為鄭澈不達(dá)使命，有辱王命，損害國譽(yù)，不可再立于朝堂，請(qǐng)奏將鄭澈罷官奪職。”李昖對(duì)此十分驚訝：“這是何意，鄭澈千里遠(yuǎn)行，又因此染疾，此事為皇上陛下旨意如此，鄭澈何罪之有？”
    司宰監(jiān)正柳祖訒說道：“殿下，臣只是轉(zhuǎn)達(dá)群臣所奏，此乃公議，因鄭澈無能才使朝鮮顏面無存，鄭澈之苦天下有感，鄭澈之罪天下難饒，還請(qǐng)殿下決斷。”
    鄭澈則心中早有退意，再次向李昖請(qǐng)辭：“殿下，百官所言也正是臣心中所想，請(qǐng)將臣嚴(yán)懲治罪。臣將靜候殿下旨意。”隨后鄭澈便自行告退，李昖滿面愁容，久視司宰監(jiān)正而不語。
    鄭澈離去后便與伊斗壽先做告別，伊斗壽問道：“何必如此急于離去，主上殿下一直不愿將你治罪。”鄭澈嘆道：“這反倒更加令我感到慚愧，過往歲月猶如夢(mèng)境，古今往來不過夢(mèng)暈，今后主上殿下和社稷就拜托您了。”
    伊斗壽力勸：“暫時(shí)不要再作他想，尋一僻靜之處修養(yǎng)身心，還有這些年若因我性情耿直而有曾傷害到你，還請(qǐng)諒解。若心中有怨不如就在此痛罵我一頓，但請(qǐng)務(wù)必調(diào)養(yǎng)身體之后再回朝堂。”
    鄭澈緊牽伊斗壽雙手，笑言相謝。伊斗壽再勸：“說到底不過是一些目光短淺之人對(duì)你橫加彈劾，你忠誠憂國之心我卻深知，即便在面臨免職之時(shí)也是擔(dān)憂國事和主上殿下，松江此去如國失一臂，而我今后又能找誰傾訴苦衷？”伊斗壽再三挽留，只是鄭澈去意已決，鄭澈告辭而去，只留伊斗壽駐足呼喊，暗自神傷。
    鄭澈雖是朝鮮當(dāng)時(shí)的文學(xué)大家，但因其為西人黨領(lǐng)袖，于朝堂爭斗一面影響更大。在無謂的黨爭之中有著惡毒好色的評(píng)價(jià)，這與詩文大家、忠臣賢相的善評(píng)同時(shí)并存。鄭澈離去后居于江華島松亭村，不久后便病逝。
    十二月，萬歷帝命薊遼總督顧養(yǎng)謙兼責(zé)打理朝鮮后續(xù)事宜，駐朝鮮大軍全部撤回。旨意傳至朝鮮漢陽，宋應(yīng)昌大驚：“倭軍雖已開始撤出朝鮮，但下三道倭軍仍有不少，不待其全部撤出豈能我軍先退，如若突然反撲如何能擋？”
    傳者答：“經(jīng)略安心，圣意，倭情狡詐，未可颶稱事完，自有準(zhǔn)備。”宋應(yīng)昌問道：“何種準(zhǔn)備？即便撤軍也當(dāng)留有數(shù)千精兵把守要道，屯田開礦才是。”傳者答：“圣意如此，請(qǐng)宋經(jīng)略盡快回京。”宋應(yīng)昌無語。
    后宋應(yīng)昌及李如松拜別朝鮮王李昖，李昖謝道：“萬分感謝皇上陛下，萬分感謝經(jīng)略千里相援，朝鮮終于即將光復(fù)，列祖列宗在天之靈必能欣慰，寡人及王室后代永世難忘大明恩德。只是倭寇還未完全退卻，能否再留數(shù)月，確認(rèn)無患之后再班師回朝？”
    宋應(yīng)昌答道：“圣意令我等即可返京，殿下寬心，若倭寇復(fù)返，明軍定當(dāng)再援，且即便倭寇盡去也難說無患，殿下，國患素來在內(nèi)而不在外，恕外臣直言，此次倭寇能如此輕易攻入八道，占據(jù)三都，迫使朝鮮向大明求救不正是因朝鮮內(nèi)倦革新，以致國力不振。此次我對(duì)朝鮮軍民之奮戰(zhàn)多有所聞，十分敬佩，殿下身邊也有賢臣良將，若能克服，倭寇難登朝鮮一步。”
    李昖回道：“經(jīng)略所言極是，寡人必將銘記于心，寡人最喜終可告慰祖廟，不必再為此自責(zé)，不，還是應(yīng)自責(zé)才是，應(yīng)當(dāng)時(shí)刻勉力，勤勞國事，杜絕此等戰(zhàn)亂再現(xiàn)。”宋應(yīng)昌欲走，李昖再三請(qǐng)暫留赴宴，宋應(yīng)昌婉拒，剩余明軍當(dāng)日便離開漢陽往遼東而去。