地方的行政機(jī)構(gòu)就這樣先決定下來，接下來是對(duì)杭州的行政機(jī)構(gòu)進(jìn)行一些調(diào)整，現(xiàn)在杭州行政部下面共有九個(gè)部門，分別教育司，財(cái)政司，仲栽司，農(nóng)田司，工建司、商務(wù)司；另外還有直接對(duì)商毅付責(zé)的審計(jì)司、文書司和宣傳司.在劃分上，也屬于行政部管轄。
    這九個(gè)部門，差不多也涵蓋了一個(gè)政府除了軍事以外的基本行政部門，但現(xiàn)在商毅的管轄區(qū)內(nèi)，和明朝相比，也出現(xiàn)了一些明顯不同的地方。
    首先是手工業(yè)方面，由于商毅制定的政策基本都含有扶持手工業(yè)發(fā)展的內(nèi)容，因此在浙江地的手工業(yè)發(fā)展十分迅速，注冊(cè)的工廠己經(jīng)超過了一百五十家，其中超也五百人規(guī)模的中大型工廠有二十八家，而超過千人規(guī)模的工廠，有十二家，另外注冊(cè)的以家庭為單位的手工作坊，己經(jīng)超過了二千家，這還不算那些半農(nóng)半手工的家庭。而且產(chǎn)業(yè)包括紡織、絲綢、造船、木作、印刷、機(jī)械、治鹽等等。
    現(xiàn)在浙江地區(qū)完全依靠做工維持生存的人口，己經(jīng)有十萬以上。所謂的資本主義萌芽，已經(jīng)得到了長(zhǎng)足的發(fā)展，而工人階級(jí)這樣一個(gè)全新的階級(jí)，也正在逐漸形成中?，F(xiàn)在對(duì)工廠、手工作坊的管理，還屬于商務(wù)司。
    還有就是對(duì)外貿(mào)易和交流，對(duì)外貿(mào)易自不必說，己經(jīng)成為浙江地區(qū)的最重要財(cái)政收入來源，而且隨著對(duì)外貿(mào)易的擴(kuò)大，對(duì)外的交流也隨之?dāng)U大，現(xiàn)在己經(jīng)有荷蘭、英國(guó)、葡萄牙三個(gè)國(guó)家在浙江地區(qū)開設(shè)了半官方的商館，另外至少還有十個(gè)國(guó)家的商人經(jīng)常來往杭州經(jīng)商，因此商毅才打算在杭州專門建立一個(gè)外商的聚集區(qū)，對(duì)外商、包括外籍人員進(jìn)行統(tǒng)一管理。現(xiàn)在這些事情也全都甩給商務(wù)司在管理。
    當(dāng)然這些也還都是屬于商業(yè)范圍內(nèi)，由商務(wù)司來管，也說得過去，但隨著商毅勢(shì)力的發(fā)展，不管是否宣布自立，早晚都會(huì)對(duì)外建立官方的來往，如果還是由商務(wù)司來付責(zé)這些事情，就形得有些不倫不類了。
    另外由于商家軍是一支以使用火器為主的軍隊(duì)，加上商毅應(yīng)用了一些新技術(shù)，使浙江地區(qū)的開礦、冶金水平和規(guī)模也都有了長(zhǎng)足的發(fā)展，不僅開設(shè)了一家大型的冶鋼廠，同時(shí)還需要大量進(jìn)口各種金屬礦產(chǎn)，這也是浙江地區(qū)的主要進(jìn)口物資，因此現(xiàn)在開礦、冶金也成為一個(gè)速度發(fā)展的產(chǎn)業(yè)。目前開礦和冶金事務(wù)還是歸屬于工建司管理。
    和冶金、開礦道理相同的是紡織業(yè)，現(xiàn)在的浙江出口的商品中，紡織產(chǎn)品占了相當(dāng)大的比重，包括絲綢、刺繡、綿布、生絲、紗等等商品，而浙江地區(qū)的工廠、手工作業(yè)也有一半以上都與紡織業(yè)有關(guān)，因此紡織業(yè)也成立浙江地區(qū)的第一大支柱產(chǎn)業(yè)。而所有紡織業(yè)都屬商業(yè)部管理，顯然有些不合適了。
    在這種情況下，現(xiàn)有的這九個(gè)部門顯然是己經(jīng)無法滿足于發(fā)展的需要，因此商毅也決定，增設(shè)工業(yè)司、對(duì)外貿(mào)易交流司、礦產(chǎn)冶金司、紡織司這四個(gè)部門。
    工業(yè)司付責(zé)管理各工廠、手工作坊的生產(chǎn)事務(wù)；礦產(chǎn)冶金付責(zé)管理開礦、冶金等事務(wù)；紡織司付責(zé)與整個(gè)紡織行業(yè)有關(guān)的各種事務(wù)，而對(duì)外司則分為兩塊，一塊付責(zé)對(duì)務(wù)貿(mào)易，另一塊付責(zé)對(duì)外交流來往，因?yàn)楝F(xiàn)在對(duì)外主要還是貿(mào)易來往，商毅暫時(shí)還用不著一個(gè)外交部，等以后條件成熟之后，再進(jìn)行分離。
    但凡事有利就有弊，部門分得細(xì)了，雖然可以使管理更方便，更專業(yè)，也更直接，但也出現(xiàn)了一些新的問題，不少事情需要幾個(gè)部門同時(shí)管理，比如一個(gè)煉鋼廠，因?yàn)檫@既是工廠，又有商業(yè)行為，首先要在工業(yè)司和商業(yè)司注冊(cè)，同時(shí)煉鋼又屬于冶金行業(yè)，因此又要經(jīng)過礦產(chǎn)冶金司批準(zhǔn)，如果要進(jìn)口礦石，側(cè)還要通過對(duì)外貿(mào)易交流司，再加上完稅需要的財(cái)政司，建廠房又需要通過工建司，因此前前后后一共要和六七個(gè)部門打交道。
    一個(gè)絲綢廠也是一樣，雖然不用和礦產(chǎn)冶金司打交通，但又多了一個(gè)農(nóng)業(yè)司，因?yàn)榭椩旖z綢要種桑養(yǎng)蠶。雖然不像后世那樣，一件事情要跑十幾個(gè)部門蓋章，但也比過去要麻煩得多了。因此商毅的這個(gè)提議也遭到了一些人的反對(duì)和質(zhì)疑，也有人認(rèn)為可以只成立工業(yè)司、對(duì)外貿(mào)易交流司這兩個(gè)部門，而礦產(chǎn)冶金司、紡織司則可以先掛在商業(yè)或工業(yè)司下面，先觀望一段時(shí)間再說。
    不過商毅也知道，世界上不存在絕對(duì)完美無缺的制度，隨著生產(chǎn)社會(huì)化，分工會(huì)越來越細(xì)，而管理也會(huì)越來越細(xì)，這也是大勢(shì)所趨，想拒絕這種發(fā)展趨勢(shì)是不可能的，只能從提高各部門的辦事效率上著手解決。因此也不厭其煩，向眾人反復(fù)說明增設(shè)這些部門的道理。
    但盡管如此，在最后投票的時(shí)候，還是只通了成立工業(yè)司、對(duì)外貿(mào)易交流司這兩個(gè)部門，而礦產(chǎn)冶金司、紡織司則被否決掉。
    當(dāng)然如果商毅一定要硬行，也可以利用自己的威信影響，強(qiáng)行通過成立這兩個(gè)部門，但從維護(hù)投票制度的角度出發(fā)，也就順應(yīng)眾人的意見，收回了自己的方案，并且立刻拿出一個(gè)備選方案，即變冶金司、紡織司為冶金所、紡織所，冶金所將歸屬在工業(yè)部下，而紡織所則歸屬在商業(yè)司下。
    這一點(diǎn)到是得到眾人的同意，因?yàn)楸娙艘捕记宄?，從現(xiàn)在的發(fā)展情況來看，冶金業(yè)和紡織業(yè)也確實(shí)需要有專門的組織來進(jìn)行管理，這一點(diǎn)在過去的明朝也是一樣。因此也得到了通過。
    當(dāng)然這些事情，并不是在一天通過，而是經(jīng)過了三天的時(shí)間，進(jìn)行了無數(shù)的討論、爭(zhēng)辯，說明解釋，總算是對(duì)商毅集團(tuán)下一步的發(fā)展，以及行政組織結(jié)構(gòu)都制定了一個(gè)明確的目標(biāo)。
    而在會(huì)議的最后，商毅也正式宣布，在以后的主要行政決策時(shí)候，都用這種無記名投票的方式來解決，做為一種正式的決策制度保留下來。
    同時(shí)商毅也制定出無記名投票的暫行制度：
    一、投票方式為無記名投票，內(nèi)容包括“同意”“反對(duì)”“棄權(quán)”三種，任何決意都必須超過半數(shù)的有效“同意”票，才能夠獲得通過。而某些重大決策，則需要超過七成有效“同意”票，才能夠獲得通過。
    二、參與投票的人由目前成立的十一個(gè)部門主事，再加上屬于行政司的周士奇、王夫之、李巖、以及商毅或葉瑤瑱，一共是固定十五人，另外在某些重大決策方面，還有可能邀請(qǐng)一到兩名相關(guān)人員參與。而商毅或葉瑤瑱則允許投出兩張票。這是他們唯一的特權(quán)。
    三、進(jìn)行投票的提案，可以由投票人提出，也可以由非投票人提出，首先可以進(jìn)行討論，由提案人說明提案理由，并回答其他投票人的相關(guān)詢問，直到無人提問時(shí)，才進(jìn)行投票決策。
    四、在目前階段投票僅限于行政事務(wù)，**部的決策將由**部來制定，不在投票決定的范圍以內(nèi)，行政部必須無條件服從。
    五、某一決策，連續(xù)經(jīng)過三個(gè)方案都無法通過的時(shí)候，商毅或葉瑤瑱有權(quán)力直接決定選擇其中方案之一或是新方案，無需再進(jìn)行投票。
    在以前的時(shí)候，雖然毎一次開會(huì)決議時(shí)，商毅都會(huì)盡力征求每一個(gè)人的意見，但最終的決定權(quán)，仍然在商毅一個(gè)人的手上，從理論上說，就算是所有的人都反對(duì)，但只要是商毅堅(jiān)決要求執(zhí)行，還是能夠最終通過。只不過商毅基本沒有做得這么極端。
    而現(xiàn)在隨著自己的勢(shì)力擴(kuò)大，國(guó)家體系己經(jīng)漸成雛形，商毅也要開始考慮未來的國(guó)家制度。因此從這時(shí)開始，首先引入投票決策制度，實(shí)際少數(shù)服從多數(shù)，以群策群力代替獨(dú)策的原則，是建立自己的國(guó)家制度的第一步。
    當(dāng)然在目前的情況下，不可能完全以群策代替獨(dú)策，由其是在戰(zhàn)爭(zhēng)的時(shí)候，個(gè)人獨(dú)策要比群策更有效率，也更有用，就是這個(gè)道理，總不能說仗怎么打，由大家來投票決定，因此商毅在制定投票決策的暫行制度中，也給自己和**部，留出了很大的一塊特權(quán)出來。
    不過眾官員對(duì)這五點(diǎn)暫行方案都沒有任何疑義，都認(rèn)為這種無記名投票決策的方法很不錯(cuò)，一來是可以減少了許多扯皮拉筋的事情，另外也說明商毅的開明態(tài)度和胸襟，并不是一個(gè)喜歡獨(dú)攬大權(quán)，任何事情都獨(dú)斷專行的人。畢竟沒有人希望自己事奉這樣一名君主。
    而且對(duì)商毅擁有兩票的特權(quán)，以及后兩條權(quán)利，眾人也沒有任何反對(duì)的態(tài)度，一來是現(xiàn)在確實(shí)還是戰(zhàn)亂時(shí)期，一切都是優(yōu)先考慮戰(zhàn)爭(zhēng)，而在這方面，十個(gè)庸將加在一起，也敵不一個(gè)名將，行政部的官員也顯然沒有專業(yè)的武將在行。二來這個(gè)時(shí)代的中國(guó)人還沒有什么**概念，皇帝說了算是天經(jīng)地義的事，官員只有建議、勸告的義務(wù)，誰也不能當(dāng)皇帝的家，能夠分到有一點(diǎn)決策權(quán)力就己經(jīng)很滿足了。
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